高职院校图书馆是为全校师生员工提供教科研服务的部门，也是作为学校的文献资源信息服务中心。因此，高职院校的图书馆在某种程度上承担着教育与信息服务的双重职能。参与一卡通系统的建设，对图书馆的管理效能的提高和服务能力的增强是一个极大的提升。校园一卡通系统的建设，除了满足大学生在学校食堂的经济消费活动之外，还能够对图书馆的期刊借阅、电子阅览、财务结算等带来意想不到的便利，形成整个高职院校的一体化的校园网络管理系统。
校园一卡通通用第三方接入服务提供的主要功能包括：读取校园卡信息、查询一卡通帐户的精确信息、校园卡的有效性验证、消费与退费、挂失、身份功能的启用和禁用以及校园卡帐户在第三方子系统的开通与关闭等，很好地保证了图书馆与一卡通系统的耦合。在图书馆系统与一卡通系统对接的过程中，由于图书馆自身多已采用比较成熟的专业管理软件如ILAS、INNOPAC、汇文等，因此，为保证有效对接，须运用“第三方连接套件”，以保证图书馆内系统的正常使用。否则，既会给图书馆管理工作增加不必要的麻烦，也会给学校增加不必要的经费负担。如何实现“第三方连接套件”与图书馆专业图书管理系统的有效耦合连接呢?这是广大图书馆人十分关心也十分重视的问题。一般而言，图书馆内的自有应用数据库系统，能够形成同步的管理效应。但通过“第三方连接套件”与一卡通系统进行连接，也是能够达到数据同步的。但往往会由于技术上的链接不能及时到位问题，可能造成不必要的漏扣款甚至倒返款给用户的情况。防止这种情况的发生，就必须做好在技术措施与手段的到位。作为图书馆自身的技术人员要对相关的统计报表给予及时的分析，对通过校园一卡通结算中心出具的报表，要仔细地与图书馆原管理系统的统计报表相核对，保障数据的一致性。在对接后系统的软硬件配置方面，图书馆应用一卡通系统在硬件方面需要增加一台第三方代理服务器，为图书馆的流通借还客户端增加通用读卡器。软件方面，需要在服务器上安装第三方对接系统服务器端程序、第三方对接系统客户端程序、加密狗驱动以及Firebkd数据库后台服务程序。在流通借还客户端，需要安装第三方对接系统客户端程序。在任意一台安装一卡通通用对接系统客户端程序的客户端上以管理员登录，在服务器上利用SIOS与站点管理模块注册各流通借还客户端。注册后，每个流通借还客户端作为图书馆子系统的站点，流通点管理人员依据需要进行分组注册并设置结算类别和权限。
校园一卡通系统应用对图书馆的管理工作，影响主要有：一是读者身份的判别方式。由于一卡通系统用户的数据库与图书馆原有管理系统的读者数据库是不同的。由于一卡通面向全校，用户管理是由一卡通数据管理中心的数据库实现的。持卡人使用一卡通后，图书馆管理系统就难以识别。这就需要在图书馆管理系统客户端增加通用读卡器。读者在读卡后，首先需要通过第三方代理服务器进行读者身份验证，然后才能进入经过图书馆自身管理系统进行二次验证。二是读者证件管理。图书馆管理系统具备读者管理模块，通常包括读者证件注册、证件注销、挂失补证、挂失解挂等功能。读者信息通常包括条码号、证件号、姓名、性别、证有效期等。图书馆专职办证人员为新生及新教工办理图书证，并在证件注册模块为读者录入读者的各项信息。在毕业生离校时，在归还书刊后在证件注销模块注销毕业生证件。在应用一卡通系统后，校园卡将完全取代图书证，数据中心全面管理校园卡的办理、注销、挂失补卡以及挂失解挂等业务。而图书馆管理系统中的读者信息，则可以利用一卡通数据中心的提供的新生详细信息通过读者数据套录模块选择对应字段对读者数据进行批量导入。
一卡通数据中心在办理校园卡时默认为全校的统招在校学生和正式教职工开通图书馆功能，在毕业生离校时必须由图书馆工作人员关闭图书馆功能，毕业生才能在一卡通中心办理校园卡注销。毕业生离校时，校园卡会提示图书馆在用户结清相关项目后关闭功能开通状态，才能处理相关离校手续。三是借还管理。应用一卡通系统后，借还管理的图书馆工作人员在使用借还客户端时，要登录第三方对接系统客户端程序，然后再登录图书管理系统的流通借还模块。用户的还款项目都从校园卡中扣除，并保存到图书馆专用帐户中，以便为财务部门进行结算。为了实现图书馆自动化管理系统与校园卡系统的集成，需要自动化管理系统与校园卡系统开发商进行密切的合作，开发系统之间的接口程序。在书刊流通中赔罚款(如书刊超期、遗失以及损坏)时，借还管理的工作人员将光标定位到赔罚款的金额信息上，读者刷卡后第三方系统将对读者身份认证后自动弹出消费窗口，并且自动读入结算金额，点击结算按钮后，将从读者校园卡中扣除相应金额。第三方系统自动记录此次校园卡消费的子系统名称、子系统站点以及消费金额和时间以及完成此次消费的工作人员编码等信息并回传一卡通数据中心，从而实现了图书管理系统与一卡通系统的真正整合。四是读者数据库的后期维护。读者数据库中的读者信息关键字通常以读者条码号为关键字，读者条码号通常按某一特定规则或者自动生成。而依照一卡通数据中心规划我校学生校园卡学号为关键子。
为了方便维护以及保持两个数据库数据的一致性，对读者信息的维护可以区别对待：对于入校新生利用一卡通数据中心提供的新生详细数据对读者证件进行批量注册；对于目前在已经办理图书证的在校学生利用第三方对接系统的建立学生的学号与条码号对应关系表，这样不需要对图书馆管理系统做任何改动设置；对于部分留级、休学以及其他特殊原因的学生，可以利用读者管理模块对该读者原图书证挂失，在挂失补证模块重新修改条码号为学号。通过以上方式对读者数据库的维护，可以完成从图书证到校园卡使用的转换。