随着机房的不断发展，机房建设的一些问题也逐渐显露出来。
一、机房系统建设的投资及运行维护
在机房系统的建设中，项目的投资是很重要的，对投资的控制是项目管理的重要目标。机房系统的投资主要分两部分，一部分是机房设施建设的投资，另一部分是机房运行管理的投资，前者投资的经济性决定了后者投资的多少。机房系统的设计方案是否合理、优化、实用，决定了前期投资的经济性。因此，机房的总体方案的确定是很重要的，这取决于设计的理念和技术水平。建设方一般对机房前期的建设比较慎重，要选择有技术实力的设计单位和技术人员进行机房的设计和施工，以保证机房方案的经济实用和机房的施工质量。但是，机房的投资，除了设施建设的投资外，还需要考虑到机房运行后的运行费用的投入，这一点往往是在项目规划时被忽视的。机房里除了摆放的计算机、网络设备外，还有许多保证机房环境的设备：如UPS电源设备、空调新风设备、配电设备、安防设备、其它控制设备及弱电设备。为了保证这些设备日常的使用，需要花费不少的人力和财力，这些费用每天每月都要支出，直接关系到机房后期运行维护费用的投入，而且机房的运行管理是否科学、严格，又直接影响到设备的使用寿命，好的机房管理可以延长这些设备的使用寿命，从而影响到投资的使用周期和回报。这在工程实例中比比皆是，有的单位运行维护好，费用低，使用年限长，有的单位运行维护差，费用投入高，使用年限短。
二、机房顶面防水的重要性
现在机房里摆放着大量的精密、贵重的计算机、网络设备等。一般的信息中心里的设备价值都在几百万元或几千万元，有的甚至几亿元，一旦有漏水事故发生，就会给用户造成设备损坏和信息丢失，带来很大、甚至无可挽回的经济损失。机房的防水往往只注重远离水源和机房内的有水设备的防水，却忽略了机房所在楼层上部区域的防水。因此，在计算机房系统工程的选址时，要求机房要远离水源，同时，在机房的总体设计时，要考虑到机房顶面的防水问题。现在的办公大楼内都有消防报警灭火系统，在规范中对机房的消防灭火系统要求灭火剂采用气体灭火剂，就是为机房的防水要求考虑的。机房选址一般在大楼的中间层，而大楼机房外的楼层和房间一般都为水喷淋灭火，机房上部楼层的水喷淋灭火系统对机房的安全留下很大的隐患，一旦有火情发生，水喷淋系统启动，水就会渗漏到机房内，威胁机房的安全。因此，在机房的选址时要充分考虑防水的安全问题，同时，在机房顶面的楼层相应的地面要作好防水处理。
三、机房建设概念上存在各种问题
有人将机房建设归结为机房装修工程，认为机房建设就是装修工程;也有人将机房建设归属到大楼弱电工程的一个分支专业。这些问题的存在导致无法抓住机房建设的重点，而将机房建设引人误区。机房工程是多专业、多学科、技术含量高的综合工程，在智能建筑工程中处于核心的位置。因此，必须明确机房工程的重要性才能做好机房建设。
四、机房各系统的均衡问题
机房工程是一个系统工程，是由多个系统协同工作来实现的。但有的用户无限制地抬高某一系统的可靠性，而忽视了机房整体性能的平衡问题，最终导致机房因其他系统的薄弱而出现问题，导致影响机房系统的稳定运行。所以不能过分强调某一系统的可靠性，而无限度地抬高整个机房建设的费用。
五、机房的通用性问题
在机房规划初期，计算机及其他设备还没有确定，如果不认真作好用户需求分析，只根据经验进行组建，那么所进行的规划设计往往带有一定的盲目性，无法针对功能需求、设备数量进行相关设计，容易造成难以弥补的缺憾。这样通常导致机房建成后不久就要进行机房改造来满足新增设备的需要。