如果系统集成商和集成客户在订立合同时对合同内容考虑不全，就会导致合同条款不够详细，在项目实施过程中就可能产生合同纠纷。那么，如何避免系统集成工程中的合同纠纷呢？
合同纠纷，是指因合同的生效、解释、履行、变更、终止等行为而引起的合同当事人的所有争议。合同纠纷的范围广泛，涵盖了一项合同从成立到终止的整个过程。
信息系统工程建设项目的方案设计和实施大多由一个单位独立完成，而系统承建单位（中标单位）大多只是在为时有限的招标阶段完成系统需求调研和方案设计，如果项目承建单位中标后不对原投标方案在深入需求调研的基础上完善和优化，在合同的履行过程中就会频繁出现工程变更。对工程变更处理不当，是合同争议纠纷产生的主要原因之一。
合同争议纠纷首先应采取预防为主的原则。为尽量避免或尽量减少信息系统工程实施过程中的合同争议纠纷，笔者认为应注意以下几个方面。
合同条款应注意的九个事项
1.合同条款是当事人履行合同的依据。为避免因条款的不完备或歧义而引起合同纠纷，系统集成商应认真审阅建设单位拟订的合同条款。除了法律的强制性规定外，其他合同条款都应与建设单位在充分协商并达成一致基础上进行约定。
2.合同内容力求完整、严密，建设单位应对合同中容易出现歧义的文字进行解释。
3.合同的内容尤其是关于合同标的(包括名称、种类等)、数量、质量、价款或者报酬、履行期限、履行地点、履行方式、违约责任(违约金或违约损失赔偿额的计算方法等)、解决争议的方法（在信息系统工程监理制度实行后，信息系统工程实施中的发生的争议应首先通过项目监理机构调解）等主要合同条款应有详细约定。
4.对合同中质量条款应具体订明规格、型号、适用的标准等，避免合同订立后因为适用标准是采用国家、地方、行业还是其他标准等问题产生纠纷。
5.对于合同中需要变更、转让、解除等内容也应详细说明。
6.如果合同有附件，对于附件的内容也应精心准备，并注意保持与主合同一致，不要相互之间产生矛盾。
7.对于既有投标书，又有正式合同书、附件等包含多项内容的合同，要在条款中列明适用顺序。
8.在签定合同时还应了解签约对方（项目建设方）的主体资格，即在合同上签字的人是否具备签署合同的资格。法人的法定代表人、其他组织的负责人均具有签约主体的资格。其他人员代表法人或其他组织签订合同时，必须持有建设单位法人的法定代表人授权委托书。
9.为避免合同纠纷，保证合同订立的合法性、有效性，当事人可以将签订约合同到公证机关进行公证。经过公证的合同，具有法律强制执行效力。
避免方案变更导致工程变更
信息系统工程的实施和一般建筑工程不同。对一般的建筑工程来说，工程设计与施工是两个前后分隔的阶段，由两个不同的单位完成。建筑工程不建议甚至不容许设计单位来承包工程施工，反之亦然。而信息系统工程则大多由同一个单位进行方案设计和工程实施。
系统设计阶段是信息系统工程建设项目实施的初始阶段，系统方案设计的完善与否，直接关系到以下各阶段的正常实施，甚至整个项目的成功。然而，在以往的信息化工程项目建设中，往往存在项目承建方对建设方的需求理解不全面、不准确，导致项目设计方案缺陷的现象。根据这种有缺陷的设计方案开发实施的项目必然导致承建方和建设方纠纷不断、工期拖延、项目的投资和质量都无法得到有效的控制、企业的需求得不到满足、项目的建设目标难以实现……因此，项目的承建方必须切实把握系统的设计阶段，使系统设计方案尽可能充分满足项目建设方的需求，并尽可能地优化、完善，从而达到实现系统建设目标的目的。
如果项目的系统承建单位通过严格招标投标程序选择中标单位，在项目实施过程中是不是就可以忽略系统设计阶段？答案是否定的。因为在时间极为有限的招投标过程中，任何人都不能说他对项目的需求调研是充分的，而没有对该项目充分的需求调研和需求分析，就不可能产生完善的系统设计方案。
因此，信息系统工程项目的承建方应在项目的初始阶段对建设方深入地开展进一步的需求调研和需求分析，并在此基础上完善和优化项目的系统设计方案，以尽量避免或减少在项目实施过程中，由于系统设计方案的不完善而导致工程变更频繁，进而由于对工程变更处理不当而引起合同争议纠纷。
妥善处理工程变更
即使承建单位在项目初始阶段对信息系统工程项目进行了较为深入的项目需求再分析，并在此基础上对项目设计方案进行了成功的完善和优化，但在项目实施过程中，工程变更仍不可避免。因此，项目承建单位在项目实施过程中还必须妥善处理项目工程变更。
在信息系统工程实施过程中引起项目变更除系统设计方案不完善这一主要原因外，还可能由以下原因引起：项目实施组织计划不合理；项目实施组织计划和项目实施相脱离；设备供货方或设备厂商不能在合同供货期限内供货或供货设备的规格、质量、价格等与合同及设计方案偏离；工程质量不符合项目合同及设计方案的要求造成的停工和返工等引起的工程延期；信息技术的更新换代导致原技术及原设计不符合整体环境的要求；由信息技术更新引起的设备更新；由于建设方需求变化而调整（增加或减少）项目建设内容；建设方投资不到位以及其他多种原因。
按照FIDIC（国际咨询工程师联合会）合同条件的规定，不管由哪一方提出的任何变更，都应交由监理工程师来最终处理，并报建设单位批准备案，监理工程师发出有关的变更指令，该指令一经发出，应视为合同文件的一部分。因此，工程变更具有一定的法律强制性。没有监理工程师的变更指令，合同的任何一方都不能对工程及其有关方面做出任何的改动，监理工程师发出的工程变更指令，合同双方则必须执行。实质上，工程变更是对合同文件进行修正、补充，使其更加完善。
工程变更常常发生在工程承包合同执行过程中，通常是不可预见的，因而事先无法约定，需要监理工程师随工程进展现场定夺，若久拖不决，即使是合情合理的变更也会阻碍工程进展；况且大部分的工程变更会涉及到费用，若处理不当，不仅造成资金浪费，影响工程质量，埋下索赔隐患，甚至使建设单位对其工程投资失去控制或承建单位的利益受到损害。