企业业务流程重组作为一种管理思想，诞生于企业追求精益效益、追求加快市场响应速度的大环境背景下，是在成熟的企业管理基础上对现有的管理模式的反思，是对企业管理模式进一步优化而进行的重组尝试。但是理论与事实之间存在着巨大差距也迫使人们从狂热中清醒过来，痛定思痛，对导致BPR项目失败的原因进行认真分析总结。经过反思发现，BPR的失败原因多种多样。
1.忽略了人的因素
没有认识到企业流程重组与优化需要员工的积极参与。流程重组提出的早期，没有把人的因素考虑在内，导致企业在实施中忽视员工的反应，在很多企业引发了上中层管理人员，下到普通员工的强烈反感。即使是相对和风细雨的流程重组，员工的反抗、不解也是实施失败的重要因素。
2.缺乏最高领导的直接推动，导致业务流程优化和重组缺乏足够的推动力
不少企业最高领导没有意识到流程变革是对企业的深刻变革，认为它仅仅是改变一些基本的“操作层面”的业务流程，不需要他们这些战略的决策者投入多少精力和注意力，发个号召，讲一次话，下一份文件，顶多组建一支专门的队伍或者一个机构，由他们配合咨询机构推行就可以了。他们没有从整个企业资源上向业务流程优化和重组倾斜；没有认识到业务流程重组与优化是为了提高企业的核心竞争力而对企业的资源、工作程序进行的改变；没有认识到它改变了基本的业务流程，导致责、权、利的变化，是企业内一次新的利益再分配，其阻力大得超乎想象，绝非职能部门或实施机构所能推动。
3.流程变革的范围和深度失当
没有认识到流程优化的关键是要降流程变革与企业业务运营之间保持一定的融合性和适度的平衡。流程优化是企业管理进步的一种方法，既不是唯一的方法，也不是所有企业必须采用的方法。对这种“凤凰涅槃”式的大变革，没有首先全面衡量企业抗冲击的能力和体系再造的条件是否成熟，轻率拍板，近于赌博。
4.期望过高
不了解业务流程重组与优化主要适用于解决操作层面的程序性问题，不切实际的期望它解决企业管理中广泛的规划层面与操作层面的问题、技能性问题与程序性问题、硬性与软性的问题等。实际上，上述每一个目标的实现都不是单通过BPR一项改革就能奏效的。承认罗马不是一天建成的，却奢望流程变革在一夜之间实现，变革的效益立即实现。不愿意接受在长期效益到来之前可能发生的一些短期损失。没有解决企业战略性、技能型等方面的问题和实现员工观念、企业文化等长期因素相应改变的情况下，要求业务流程的短期跃进。
5.管理模式的变革滞后，组织架构没有相应调整
仍然停留在原有的职能管理模式、高度集权、部门分割。流程在各个职能部门的挤压下更趋破碎，或者流程本身基本维持现状，仅仅是把流程图画的更漂亮而已。或者低估转向流程导向模式的变革难度，仓促设计，匆匆放权，组织架构调整过大过激，而相应的培训、考核、监控和企业文化的转型没有跟上，造成混乱。
6.缺乏对信息技术与业务流程重组相互影响、相互制约的认识
合理利用信息技术是业务流程优化与重组的难点和要点所在。不少企业的领导者和管理层缺乏对信息技术与业务流程相互关系的正确认识与把握，有的完全听信外部咨询公司的安排，从信息技术而不是从业务出发，完全依据信息系统的需要重组业务流程，将业务流程等同于IT；有的将IT独立于业务流程之外看待，造成信息系统与业务流程的脱离，削弱了IT系统在业务流程中的重要作用。不了解依托IT技术与脱离IT技术而进行的流程变革，其方法与效能均有很大差别。
7.忽略有效经营愿景与正确目标的制定
毫无疑问，制定企业目标与愿景是领导者责无旁贷的工作。它有利于企业明确方向，瞄准长远利益，确定明确的评价标准，有效的分配资金，推动各项工作顺利的向前发展。不少企业没有或者不知如何正确确定或没有清晰的表达有效的经营愿景，导致了流程项目的失败。例如有的国内企业管理层已经确定公司由产品经营全面转向资本经营，然而却启动了营销流程而不是财务与投资流程的改进。
8.将业务流程优化与重组理解为压缩组织规模、裁减员工
纯粹的以资本替代劳力，以技术替代劳力，造成大量裁减员工，这和业务流程优化与重组的思想内涵相违背。一些企业领导人的出发点有偏差，仅仅把流程优化当成压缩人员、压缩成本的手段；为了达到目的，前期设计神秘化，后期实施突袭化，导致人人自危。
9.重设计，轻实施
由于BPR是对企业的业务流程进行根本性再思考和彻底性再设计，许多企业都投入了重金和最优秀的团队进行方案设计，并且聘请了国内外优秀咨询公司的专家参与方案设计。但是他们都忽视了最重要的一点，那就是优秀的改革方案必须依靠强力贯彻和严格实施才能真正落地开花结果，达到预期的设计效果；否则再漂亮的方案如果得不到正确的实施，也只是水中月、镜中花。而其中变革管理是影响到企业上上下下思想转变和行为修正的关键，常常需要抛开流程设计、深化“思想设计”来维持BPR的组织能力。
正因为BPR是在实践中存在这些问题，全面的、根本性的流程重组方式逐渐被人们抛弃，取而代之的是部分的、持续的流程优化和流程管理方法，在企业中吃持续的对流程进行优化和管理。