医院位于北京市西城区新街口外大街16号，占地59亩，展开床位1100张，展开科室55个。医院现为第二、三、四军医大学临床教学医院，北京师范大学医学研究院；是苏州大学、武汉大学、辽宁医学院等7所院校的研究生联合培养基地。医院拥有博士88人，硕士162人，高级专业技术职务干部129名，专业技术三级专家2名，第九届全军医学专业委员会副主任委员4名，常务委员、委员61名。医院拥有全军医学专科和专病中心5个（全军肝胆胃肠病专科中心、全军肛肠病专病中心，全军核辐射损伤医学监测与防治研究中心，全军脑卒中医疗救治研究中心、全军心理卫生指导中心），火箭军医学专科和专病中心10个；国家药物临床试验机构专业5个，博士后科研工作站1个。
医院拥有PET-CT、3.0T核磁、达芬奇机器人等大型医疗设备48台件，总价值5.2亿元。近两年，医院获军队科技进步、军队医疗成果一等奖各1项。积极培育特色优质技术，脑血管病介入手术处于世界领先地位，肝胆胰外科手术、机器人微创手术以及肛肠病治疗、胃食管反流病治疗在军内外优势较为突出。
2003年，医院被评为“北京市抗击非典先进单位”，2010年，玉树抗震救灾医疗队被党中央、国务院、中央军委授予“抗震救灾英雄集体”称号，2008年、2011年医院两次被评为“全军为部队服务先进单位”。2003年，李淑君获“南丁格尔”奖。